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腫瘤臨床科研服務
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擴增子測序

      目標基因測序是指采取各種技術手段將待檢測的目標區域富集之後,進行高通量測序的研究战略。根據目標基因篩選的要领可分爲液相雜交捕獲擴增子測序兩大類型。

 

液相雜交捕獲

擴增子測序

富集战略

探針雜交

多重PCR

適用範圍

目標區域>100k

目標區域<100k

檢測變異類型

SNP、大片段Indels、融合基因、擴增等。

SNP、小片段Indels、擴增等

樣本起始量

中(200ng

低(10ng

優勢

發現更多新的從未報道過的SNP、融合Fusion、大片段Indels等。

發現更低頻(低于0.1%)的突變,適用于ctDNA的研究

制約因素

探針捕獲效率

panel擴增均一性


1、擴增子測序
      原理:先设计感兴趣的基因组区域的引物,通过多重PCR扩增,将目標區域DNA富集后进行高通量测序的研究战略。通常用于扩增区段较少(<100k)的情况。

技術流程:

技能優勢:
      目標區域小,使测序本钱显著低落,测序深度可高到达10000X(通例全基因组测序为30X),可发明很低频的突变信息。
 
可選panel:包罗現成産品(適合差别腫瘤的基因組合)和自主定制兩種

Panel類型

50-gene 

8-gene 

20-gene

BRCA1/2

自主定制

適用腫瘤

所有腫瘤

所有腫瘤

8種腫瘤

乳腺癌

所有腫瘤

覆蓋區域

熱點突變區

常見的藥物作用靶點區

全外顯子區

全外顯子區

 

擴增子數目

207

41

 

100

 

Panel巨细

40K

3K

60K

24K

 


應用:
        

panel名稱

適合腫瘤

適用樣本

應用

50-gene panel

8-gene panel

自主定制

所有腫瘤

FFPE

比力差别類型肿瘤组织DNA水平的差異,探尋與轉移、治療反應、差别癌種等相關的分子標志物。

血漿

ctDNA

ctDNA直接检出肿瘤特征的低频体细胞突变,應用于肿瘤的早期筛查、晚期患者的病程监测、个别化治疗的疗效评估等。

20-gene panel

8種常見腫瘤

FFPE

比較腫瘤組織和正常組織DNA水平的差異,尋找腫瘤組織的體細胞突變

BRCA1/2 panel

乳腺癌

全血

尋找兩個乳腺癌易感基因上存在的有害胚系突變


我们的優勢:
      1)游离DNA纯化技能能有效去除基因组DNA污染,使定量更准确;
      2)扩增子生成技能提高了扩增子生成的均一性,低落测序本钱;
      3)低频突变生物阐发技能能有效在配景中检出相关低频突变。

代表案例1:利用擴增子測序对结直肠癌患者FFPE样本进行热点突变检测

 
Fig. Amplicon Sequencing identifies hot-spot mutations in CRC metastases.

文獻出處:Betge J et al. Plos one 2015 DOI:10.1371/journal.pone.0127146


代表案例2
利用擴增子測序对肿瘤ctDNA攜帶的腫瘤特征somatic突變進行檢測和監控


l  設計了48對引物去擴增TP53EGFRBARFKRAS等癌症相關基因的5995bp突变区域   l  同時可對10個特異的癌症突變位點進行監控  l  用于監控癌症患者的腫瘤動態發展

 
文獻出處:Tim Forshew et al. Sci Transl Med 2012(4): 136-68



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