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NGS科研用建庫試劑盒
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M02421P-S/L RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

流程介紹

 

 

    当只测RNA3’端四周的轉錄組信息,Ion Torrent平台所産生的數據量足以用來阐发轉錄組的差異表達。和基因芯片技術相比,高通量測序數字基因表達技術爲研究者提供一個更好的機會去發現和阐发基因的差異表達。由于只將3’端四周的轉錄組信息作爲研究對象,而對RNA剪接水平和其他基于全轉錄組水平的信息無過多需求,因而無需測定整個轉錄組,進而節省大量資金。類似轉錄組RNA文庫構建流程,好的偏向性,自動化兼容的流程,更低的初始量也是這個産品的特別之處

 

 

流程圖
 
 

産品特點

• 低初始量:低至1ng的總RNA起始;
• 
簡單的流程:單管反應,整個實驗流程僅需6小時;

• 全面的阐发:每個樣品每次測序能阐发10000+基因。

 

産品優勢

• 從樣品到數據,時間更短;
• 
本钱低廉,可以很好替代全轉錄組測序;

• 全面的阐发:相比基因微陣列技術,RNA表達譜測序的覆蓋度更好。

 

産品信息

貨號

産品名

規格

M02421P-S

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

12 rxn

M02421P-L

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

48 rxn

 
常見問題解答
1. Profiling和转录组的流程是否存在什么差别?
      二者操纵流程完全一样。只是逆转录引物有所差别。
 
2. RNA profiling样品制备后,测序读长的要求?
      只需要读取3‘端20-30个碱基即可识别出差别种类的mRNA。
 
3. RNA profiling 样品制备一般需要的Total RNA的量是多少?最低起始量是多少?
      在样品量允许的情况下,用1ug的Total RNA,PCR进行10个循环,可以得到很好的效果。最低起始量可以到达1ng,但因为样品少,得到的数据信息便是有限的。如果不是极度的情况,发起使用更多的样品。
 
4. RNA Profiling的样品制备是从Total RNA 起始的吗?
      RNA Profiling是从Total RNA 起始的。rRNA的影响不会很大。但也可以选择从mRNA起始。
 
5. 大家都在做转录组测序,只测3’ 端序列的RNA profiling Kit的利益是什么?
      实验要领的选择,和课题要答复的问题是直接相关的。如果只需要比力差别的实验组之间mRNA的表达差别,而对付mRNA水平的突变等信息不感兴趣,那么RNA Profiling这个要领就是一个很好的,低本钱的选择。因为整个mRNA的序列长度在3000个左右的bp,而profiling只需要读3端的20-30个左右的碱基,因此如果只需要看拷贝数的话测序数据理论只要转录组的1%就可以得到同样的信息,可以大幅度节省本钱。许多FFPE样品中的RNA降解严重,且总量很低,这时候RNA Profiling因为它对样品的完整性和初始量的要求都不高,就成为一个非常符合的选择。
 
6. Ion Torrent 平台的RNA profiling建库流程和Illumina平台的kit相比有什么差别?
      Ion Torrent 平台的RNA转录组建库流程和Illumina平台的配合点在于:有很好的偏向性,流程简单,自动化兼容。差别的是:Ion Torrent平台的 barcode共有12个,位于RNA偏向性文库的5’端,通过连接5’adaptor连接上去的。
 
 

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